Naujoji įstatymo redakcija patikslinoPaslapčių apsaugos koordinavimo komisijos funkcijas bei pakeitė minėtos komisijos sudarymą – Paslapčių apsaugos koordinavimo komisijos pirmininką iš deleguotų narių skirs Ministras Pirmininkas. Šis pakeitimas atriboja ginčus nagrinėjančią instituciją – Paslapčių apsaugos koordinavimo komisiją – nuo Valstybės saugumo departamento, kuris yra potencialus šių ginčų dalyvis. Iki šiol VSD generalinis direktorius būdavo ir Paslapčių apsaugos koordinavimo komisijos pirmininkas.>
Įstatymo pakeitimais taip pat atsisakyta Paslapčių apsaugos koordinavimo komisijos funkcijos spręsti ginčus tarp paslapčių subjektų ir kitų asmenų dėl leidimų dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija bei asmens patikimumo pažymėjimų, įmonės patikimumo pažymėjimų neišdavimo ar panaikinimo pagrįstumo. Tokie ginčai bus sprendžiami bendra tvarka – administraciniuose teismuose. >
Taip pat įstatymo pakeitimai patikslino kai kurias Valstybės ir tarnybos paslapčių įstatyme apibrėžtas sąvokas, įtvirtino nuostatas, leidžiančias paslapčių subjektams nuspręsti, kokia slaptumo žyma („Visiškai slaptai“ ar „Slaptai“) žymėti informaciją, kurios atskleidimas gali sudaryti prielaidas kilti pavojui žmogaus gyvybei ar sveikatai.