Valstybės saugumo departamentas (VSD) veikia kaip daugelio demokratiškų valstybių žvalgybos institucija, kuriai uždavinius formuoja ir kontrolę vykdo demokratiškai žmonių išrinkta šalies valdžia. Departamentas atlieka tyrimus ir operacijas pagal Valstybės gynimo tarybos suformuotus žvalgybos informacijos poreikius vadovaudamasis Lietuvos Respublikos įstatymais ir kitais teisės aktais. Gavęs informacijos apie nusikalstamas veikas, VSD ją perduoda teisėsaugos institucijoms.
Valstybės gynimo taryba
Žvalgybos institucijų veiklą koordinuoja Valstybės gynimo taryba, kuri tvirtina žvalgybos informacijos poreikius ir prioritetus; žvalgybos institucijų veiklos strategijas; vertina žvalgybos informacijos atitiktį žvalgybos informacijos poreikiams ir prioritetams; sprendžia žvalgybos institucijų veiklos koordinavimo klausimus; nustato žvalgybos institucijų tarptautinio bendradarbiavimo su užsienio valstybių žvalgybos ir saugumo institucijomis, tarptautinėmis organizacijomis ir institucijomis gaires.
Žvalgybos institucijos vadovas kasmet atsiskaito Valstybės gynimo tarybai už savo vadovaujamos žvalgybos institucijos veiklą, teikia žvalgybos institucijos veiklos strategijos projektus pagal žvalgybos institucijos veiklos sritis.
Į Valstybės gynimo tarybą įeina Respublikos Prezidentas – vyriausiasis valstybės ginkluotųjų pajėgų vadas, Ministras Pirmininkas, Seimo Pirmininkas, krašto apsaugos ministras ir kariuomenės vadas.
Parlamentinė kontrolė
VSD parlamentinę kontrolę atlieka Nacionalinio saugumo ir gynybos komitetas. VSD Komitetui nuolat teikia informaciją apie aktualiausias veiklos problemas ir svarbiausius savo sprendimus.
VSD kasmet atsiskaito Nacionalinio saugumo ir gynybos komitetui pristatydamas jo nariams išsamią veiklos ataskaitą ir grėsmių nacionaliniam saugumui vertinimą. Komitetas informuojamas, kokias grėsmes kelia užsienio valstybių žvalgybų veikla, kokias VSD mato grėsmes Lietuvos energetiniam, informaciniam, ekonominiam saugumui ir regioniniam stabilumui.
Suteiktos žvalgybos informacijos pagrindu Seimo komitetas gali teikti siūlymusdėl nacionalinės saugumo politikos formavimo, žvalgybos informacijos poreikių ir prioritetų, teikti rekomendacijas dėl Departamento veiklos prioritetų ir finansavimo.
Vyriausybinė kontrolė
VSD rizikos veiksnių, pavojų ir grėsmių nacionaliniam saugumui ir valstybės interesams vertinimą bei veiklos ataskaitą kasmet pateikia Lietuvos Respublikos Ministrui Pirmininkui.
Vyriausybei pristatomame dokumente paprastai būna VSD surinkti ir susisteminti duomenys apie grėsmes Lietuvos nacionaliniam saugumui, svarbiausiems šalies ūkio sektoriams, aptariamos konkrečios problemos pagal atitinkamas VSD veiklos sritis ir Departamento kompetenciją.
Vyriausybė gali atsižvelgti į VSD pateiktą grėsmių vertinimą, teikdama visuomenei ir Seimui viešą nacionalinio saugumo būklės ir plėtros ataskaitą, o taip pat numatydama priemones, kaip kovoti su grėsmėmis, skirti asignavimus Departamento veiklai finansuoti.
Nepriklausoma išorės kontrolė
Nepriklausomą išorės kontrolę Žvalgybos kontrolierių įstatymo nustatyta tvarka atlieka žvalgybos kontrolieriai.
Žvalgybos kontrolieriai nagrinėja fizinių ir juridinių asmenų pateiktus skundus dėl žvalgybos institucijų ir (ar) žvalgybos pareigūnų veiksmų, pažeidžiančių žmogaus teises ar laisves, vykdant žvalgybą ir kontržvalgybą.
Vidaus kontrolė
Vidaus kontrolė turi ypatingą reikšmę žvalgybos institucijoje, nes Departamentas turi įgaliojimus suvaržyti asmenų laisves. Todėl egzistuoja sistema užtikrinanti, kad žvalgybos pareigūnams suteikti įgaliojimai naudojami tik įstatymų numatytoms funkcijoms vykdyti ir jais nepiktnaudžiaujama.
Visi VSD atliekami veiksmai, įskaitant susitikimus žvalgybos slaptaisiais bendradarbiais, yra dokumentuojami, registruojami bei saugomi. Kitas svarbus vidaus kontrolės aspektas – institucijoje dirbančių asmenų, taip pat ir slaptai bendradarbiaujančių, bei vykdomų operacijų saugumas ir apsauga.
Departamentas susistemintą informaciją apie vykdomos vidaus kontrolės rezultatus pagal reikalavimą teikia Seimo Nacionalinio saugumo ir gynybos komitetui.
Informacijos teikimas visuomenei
VSD kartu su Antruoju operatyvinių tarnybų departamentu prie Krašto apsaugos ministerijos kiekvienais metais skelbia viešą bendrą grėsmių nacionaliniam saugumui vertinimą.