Valstybės saugumo departamentas neketino ir neketina atsisakyti kovos prieš terorizmą funkcijos. Pasikeitus įstatymams ir vykstant reformoms kovos prieš terorizmą funkcija tebėra VSD veiklos dalis. Viena iš VSD užduočių yra vertinti teroro akto grėsmės lygį Lietuvoje ir teikti Vyriausybei rekomendacijas dėl šio lygio nustatymo. Valstybės saugumo departamentas iš įvairių šaltinių, taip pat ir bendradarbiaudamas su užsienio šalių partneriais, renka žvalgybinę informaciją apie galimas teroristines grėsmes, įtartinus asmenis ir teikia tokią informaciją institucijoms, kurios turi į konkrečius atvejus reaguoti – svarstyti vizų ar leidimų gyventi šalyje išdavimo klausimus, suimti, daryti kratas, apklausti ir panašiai. Beje, analogiška sistema veikia daugelyje Europos Sąjungos valstybių.

Įvykus teroristiniam išpuoliui iškyla valstybės institucijų veiklos KOORDINAVIMO būtinybė. Reaguojant į išpuolio padarinius, konkrečių veiksmų imasi policija, priešgaisrinė apsauga, greitosios pagalbos, sienos apsaugos ir kitos tarnybos. ES valstybių žvalgybos institucijos paprastai nevykdo kitų valstybinių institucijų veiklos koordinavimo funkcijos. Dažniausiai tai vidaus reikalų ministrų ar vyriausybių kompetencija, nes tai yra vidaus viešojo saugumo klausimai. Kovos prieš terorizmą klausimus Europos Sąjungos mastu sprendžia susirinkę šalių vidaus reikalų ministrai.

Reikėtų prisiminti, kad nuo 2003 iki 2010 metų Valstybės saugumo departamentas rengė ilgalaikę valstybinę saugumo stiprinimo Programą prieš terorizmą. Tarpžinybinėje koordinacinėje komisijoje buvo rengiami priemonių įgyvendinimo (iš principo tai – reaguojančių institucijų pajėgumų stiprinimas) planai konkretiems laikotarpiams. Vienas iš Tarpžinybinės koordinacinės komisijos įkūrimo tikslų ir buvo Programos prieš terorizmą koordinavimas.

Tačiau 2010 metų rugpjūtį Vyriausybė priėmė nutarimą, kuriuo nurodoma, kad už tarpinstitucinių veiklos planų (tarp kurių yra ir Programos prieš terorizmą priemonių planas) rengimą atsakingu turi būti paskirtas ministras. Laikantis šių teisės aktų ir kartu siekiant įgyvendinti Programą prieš terorizmą, pagrįstai iškilo tikslesnio atsakingų institucijų ir kompetencijos nustatymo klausimai.

Vykdydamas prievolę teikti siūlymus dėl teisės aktų tobulinimo, VSD ne kartą informavo Vyriausybę ir Seimo NSGK apie susidariusią situaciją ir ne kartą teikė siūlymus dėl kovos prieš terorizmą koordinavimo problemų. Vienas iš Departamento siūlymų – parengti Nacionalinio saugumo pagrindų įstatymo projektą, kuriame kovos prieš terorizmą koordinavimas Lietuvoje būtų vykdomas naudojant krizių prevencijos mechanizmus. Valstybės saugumo departamento manymu, šiuo metu Seimui pateiktas Viešojo saugumo plėtros programos projektas yra pateiktas laiku ir yra itin aktualus. Į šią programą įtraukti ir kovos prieš terorizmą aspektai, o už jos įgyvendinimą atsakingu planuojama skirti vidaus reikalų ministrą.